榆林窟特窟现只开放四窟，分别是第三窟，第十三窟，第二十五窟，第二十九窟。

第三窟建于西夏统治瓜州晚期。窟内纷呈汉、藏民族及显宗、密宗的内容和艺术，是这一时期艺术最成熟、最典型的洞窟，独具特色。窟呈长方形，穹窿顶。窟中央偏后设八角形三级曼荼罗（坛城），上存清塑数身。窟四壁下部清代环砌双层台基，上存清塑十八罗汉像。顶绘曼荼罗，中画五方佛，东壁中央绘佛传，南北侧分绘汉密五十一面千手千眼观音曼荼罗、胎藏界曼荼罗及显宗天请问经变。南壁东起画曼荼罗、观无量寿经变、曼荼罗各一铺。北壁东起画曼荼罗、净土变、曼荼罗各一铺。西壁门上方绘维摩变，门南北侧绘普贤变、文殊变。甬道南北壁绘供养人。

第十三窟始建于五代时期，宋、清进行过重修。洞窟分为前后室，后室为覆斗形顶，设中心佛坛。前室的甬道顶部崩毁，残存佛背光、山石的壁画。前室甬道的南、北壁是五代时期绘制的垂幔，垂幔下残存有菩萨各一身。前室顶残存有五代时期绘制的药师变一铺。东壁门上宋代绘制的说法图一铺。门两侧各残存有一个法幢、一个佛项光及折枝花。前室的南、北壁是五代绘制的垂幔，垂幔下面绘制有天龙八部、菩萨、夜叉。前室西壁是五代时期绘制的垂幔，链接主室与前室的门南、北是梵天、帝释赴会各一铺，门北残存有五代时期绘制的男供养人一身、门南是女供养人一身。连接主室与前室的甬道，上面是宋绘制的团花图案。甬道南、北壁宋代绘制的垂幔，垂幔下是赴会菩萨各二身，下部残存有三壸门供宝。

第二十五窟主室方形，中有佛坛，前室横方形，有长甬道。此窟弥勒变中有古藏文题记和吐蕃男子与汉族女子的婚礼图，可知建于吐蕃占领瓜州而尚未占领沙州之间，即大历十一年（776年）至建中二年（781年）间。主室顶部塌毁，前室五代重修，原作保存十分完好。东壁绘密教“八大菩萨曼荼罗”，唐代保存完好的第25窟南、北两侧壁分别绘观无量寿经变、弥勒经变。前壁门两侧绘文殊变、普贤变。前室东壁南北相对为毗琉璃天王和毗沙门天王，守卫佛国。

第二十九窟位于榆林窟东崖北端的上层，覆斗顶形窟，创建于西夏，元代并补画窟顶壁画。窟室内不同程度的遭受烟熏。此窟壁画从内容到形式均具有比较典型的西夏风格，为西夏晚期的成熟之作。窟正壁（北壁）以佛说法图居中，两侧各画一铺水月观音，这是西夏时常绘制的观音像。画史载唐代名画家周昉“妙创水月之体”，然已无手迹可考。图中的观音菩萨坐金刚宝座之上，通体笼罩在一层半透明的圆光之中，陡增几分神秘的气氛，前有碧水、红莲，后倚奇峰、修竹，画面意境静谧深邃，将写实和想象与装饰融合为一体。