有可能只会扣掉一次优惠乘车次数，但也有可能会扣掉两次优惠乘车次数，只要根据具体情况来决定。如果在购买中转票期间，两张车票是属于一起购买的，这样就只会扣掉一次优惠乘车次数。但如果是分开购买的，并且在购买第二张车票的过程中，无法提供第一次购买的火车票，就会扣掉两次优惠乘车次数。
火车学生票查得很严，乘务员在检票时会严格查验学生证件，确保学生票的使用者是合法的学生。有些车站甚至会要求学生出示学生证和有效身份证件进行核对。如果乘客使用非法的学生票，一旦被查出就会面临罚款甚至拒绝乘车的风险。因此，建议学生购买学生票时务必携带有效的学生证，并随身携带有效身份证件，以免带来不必要的麻烦和损失。火车票务部门非常重视学生票的使用管理，乘客应该遵守相关规定，以确保乘车的顺利和安全。