区别在于：
发热门诊是专门为那些患有传染病患者提供的专用诊室。而急诊是主要是针对一些突发事件，比如像些食物中毒，酒精中毒以及其他的农药中毒，或者是车祸，或者是患者出现有心脏骤停以及呼吸困难等等这些比较危重的人设立的科室，为了他们就诊方便快速，所以发热门诊和急诊是两个完全不同的科室。
发热门诊一般都是一些比较大的医院，由于在一些传染病流行高发期时，专门为了排查疑似传染病人而设立的科室，所以针对发热门诊，我们要有这样的一个正确认识。
发热门诊分为预检分诊区、诊疗区及留观区。预检分诊区是发热门诊的入口，负责对就诊者进行体温测量、流行病学史询问及初步诊断，并根据病情将就诊者分流至不同诊疗区。
诊疗区是发热门诊的主体，负责对就诊者进行详细的诊治，包括病史询问、体检、实验室检查、影像学检查等，并根据检查结果做出诊断并制定治疗方案。
留观区是发热门诊的隔离区域，负责对病情较重或疑似传染病的就诊者进行观察和治疗，以防止疫情扩散。